Para qué sirven los scripts
Un script tiene sentido dentro de una skill cuando un paso es determinista y lo hace mejor el código que la prosa: analizar un formato de archivo, validar una estructura, convertir entre dos representaciones. Escribirlo como script en lugar de como instrucciones elimina la posibilidad de que el agente improvise un procedimiento algo distinto cada vez.
La cuestión de los permisos es aparte
Existe un campo allowed-tools que acepta una lista de herramientas preaprobadas separadas por espacios, pero la especificación lo marca como experimental y el soporte varía entre implementaciones. No lo trates como una frontera de seguridad. La frontera es lo que tu agente te pide aprobar en el momento en que quiere ejecutar algo.
Por eso conviene leer antes de instalar
Como una skill puede traer código que un agente ejecute, una skill no leída de un autor desconocido es un riesgo real y no teórico. Mira scripts/ antes de instalar, prefiere skills cuyo origen puedas inspeccionar y trata una skill con más cuidado del que tratarías un archivo de configuración.