Uma é texto, o outro é um processo
Uma skill é um diretório com um arquivo SKILL.md na raiz. Nada executa, nada escuta em uma porta e não há instalação além de copiar a pasta para o lugar certo. Um servidor MCP é software que você inicia e mantém no ar, e o agente conversa com ele pelo Model Context Protocol para chamar ferramentas, ler recursos e usar prompts que antes não existiam.
Eles falham de formas diferentes
Quando uma skill está errada, o resultado piora: o agente ainda responde, só que seguindo instruções ruins. Quando um servidor MCP está errado, você recebe um erro: a conexão cai, a chamada de ferramenta falha e o agente não tem como alcançar aquilo para onde foi apontado. Essa diferença importa na hora de decidir a quem pertence um problema.
Quase toda configuração real usa os dois
O padrão comum é um servidor MCP que dá acesso a um sistema e uma skill que explica como o seu time quer que esse sistema seja usado. O servidor expõe a API; a skill guarda as convenções, as regras de nomenclatura e as verificações antes de uma escrita. Nenhum substitui o outro, e colocar as convenções dentro do servidor é como elas se perdem.